وظیفه اصلی متولی، اداره موقوفه و تقسیم منافع آن بین موقوف علیهم می باشد. موارد زیر را می توان قسمتی از وظایف متولی دانست:
الف- حفاظت و نگهداری مال موقوفه: نگهداری و محافظت مال موقوفه بر هر كاری مقدم است. چون آنرا موقوفه از بین برود، متولی دیگر كاری برای انجام ندارد.
ب- تقسیم منافع موقوفه بین موقوف علیهم : در موقوفات خاص كه فرد یا افراد معینی موقوف علیه هستند در صورتی كه موقوفه هر سال عوایدی داشته باشد، متولی باید بر طبق نظر واقف كه در ضمن عقد وقف آمده منافع را تقسیم كند.
اگر واقف نحوه تقسیم منافع را مشخص نكرده باشد موقوف علیهم چه زن باشد و چه مرد، سهم مساوی می برند.
ج- اداره مال موقوفه: هر اقدامی كه برای جلوگیری از معطل ماندن موقوفه و برای سود دهی مال موقوفه لازم باشد ،متولی باید انجام دهد. مثل اجاره دادن، زراعت كردن، تعمیر كردن و ... .
د- ثبت موقوفات :
اگر مال موقوفه زمین و خانه و مغازه و ... باشد كه به ثبت نرسیده باشد، متولی باید در اسرع وقت اقدامات لازم را برای ثبت مال به نام موقوفه انجام دهد. اگر كوتاهی كند، سازمان اوقاف و امور خیریه این كار را انجام خواهد داد.
ه- دفاع از دعاوی علیه موقوفه :
اگر كسی علیه موقوفه ادعایی مطرح كند و به دادگاه مراجعه كند، متولی باید در دادگاه حاضر شود و از حقوق موقوفه دفاع كند. متولی می تواند برای این كار از وكیل دادگستری استفاده كند.
و- اقامه دعوی به نفع موقوفه:
اگر برای احقاق حق موقوفه و مطالبه طلب های آن از افراد دیگر، متولی می تواند اقامه دعوی كند.
ز- اعتراض به ثبت موقوفات :
اگر فرد یا افرادی ملك یا املاكی را بخواهند به ثبت برسانند كه به نظر متولی آن ملك و املاك جزء موقوفه باشد، متولی باید به موجب دادخواست بر ثبت این املاك اعتراض كند و یك نسخه از دادخواست و ضمایم آن را به اداره اوقاف و امور خیریه شهر محل وقوع ملك بفرستد.
ح- داشتن دفتر مخصوص ثبت درآمد و مخارج:
چون حفظ موقوفه از وظایف متولیان است و اموال وقف باید از اموال شخص متولی جدا باشد، متولی موقوفه مكلف است دفتر مخصوص برای ثبت درآمد و هزینه های موقوفه داشته باشد.
ط- پرداخت مالیات قانونی موقوفه:
اگر به موقوفه مالیات تعلق گیرد، متولی مكلف است همه ساله مالیات قانونی را پرداخت كند و اگر در اثر عدم پرداخت جریمه ای به موقوفه تعلق بگیرد، متولی خود مسئول پرداخت آن از اموال خودش می باشد.